序卷之一头目卷之二耳鼻舌卷之三口面项喉卷之四心神卷之五胸腹卷之六身卷之七背手足卷之八溺孔肛门
序卷之一脉经序学诊例总论脉式三部分位六经所属五脏所属五脏本脉体六经本脉体五脏传变病脉六经中伤病脉五用乖违病脉脉偶名状七表病脉八里病脉九道病脉卷之二太医习业五科凡例纪用备论脏腑配天地论三因论外所因论叙中
医方歌括
叙言卷一调经古今方十九首种子时方三首外备方三首卷二胎前金匮方八首时方九首卷三产后金匮方论一十一首卷四杂病金匮方一十九首外科眼目瘰乳痈乳岩（附）乳缩乳卸附∶妇人阴挺论续记
序卷上定尺寸法点灸法下火法用火法候天色法定灸多少法定发际法发灸疮法淋洗灸疮法贴灸疮法人神所在不宜针灸每月忌日不宜针灸出血十二部人神不宜灸十二时忌不宜灸十二部年人神不宜灸九部旁通人神不宜灸杂忌旁通不宜灸
金匮玉函要略方论序金匮要略序（出赵本．）金匮玉函要略综概卷一脏腑经络先后病脉证第一（论十三首、脉证三条）湿病脉证第二（论一首、脉证十二条、方十一首）百合狐惑阴阳毒病证治第三（论一首、证三条、方十二首）
自序卷之一痈疽之源（一）痈疽之别（二）脉法（三）分经络（四）善恶（五）虚实（六）内消（七）内托（八）灸（九）针烙（十）砭镰（十一）敷贴(十二）淋洗（十三）将护（十四）禁忌（十五）肿疡(十六)发表辛凉解
脉诀阐微
序按语八十五条附方
序序二附录十二经见证不治已病治未病亢则害承乃制审察病机无失气宜能合色脉可以万全治病必求于本卷一中风一中寒二（附伤寒、伤风）中暑三（附暑风、注夏）中湿四瘟疫五（附大头天行病）火六卷二斑疹七疟八痢九泄泻十