正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
序凡例卷之一医学或问中风附∶胃风伤寒卷之二瘟疫斑疹内伤中暑湿证燥证火热郁证痰饮咳嗽哮喘疟证霍乱泄泻卷之三痢呕吐噎膈HT逆吞酸嘈杂嗳气痞满肿胀积聚虚损劳极卷之四眩运头痛胃脘痛腹痛腰痛胁痛诸气疝气香港脚痛
自叙卷一草部苍术黄精益智仁草豆蔻缩砂仁补骨脂肉豆蔻胡芦巴白豆蔻红豆蔻大茴香香附荜拨藿香香薷荜澄茄使君子威灵仙白附子慈菰牵牛子何首乌肉苁蓉锁阳丹参泽兰益母草刘寄奴延胡索胭脂（艹/閶）茹姜黄地榆三七蒲黄续
题辞卷之一天道部天地阴阳大论其气三论六节五制生五论正六气说为运为气五六说五运说司天说地上三阴三阳说天道或问五则天道六气中见论地理六节位下六承论辨君火以明兼退行一步不司气化论卷之一人道部人道大阴阳疏心肾
虚劳总论虚劳脉法虚劳死候虚劳所宜及养生之法虚劳所忌饮食诸物虚劳选方保阴煎六味地黄丸左归丸左归饮回生丸清金散加味清宁膏噙化丸天王补心丹归脾汤逍遥散仲淳验方乳金丹坤髓膏白凤膏（自制）四圣丸卫生膏资生丸大黄
洄溪医案
序上卷本症治法兼症治法变症治法疠疡类症本症治验类症治验中卷续治诸症下卷各症方药
自序例言卷一禀赋源流总论摄养为本总论卷二阴阳脏腑总论卷三营卫经络总论卷四上四诊合参总论卷四下经解格阳关阴脉脉应四时阴阳脉候部位脉象辨病诊脉察色观形经脉应四时十二月五脏绝脉五脏脉象辨脉平病死旺之象辨平病
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
明目论看眼诀图眼病歌诀冷眼歌诀热眼歌诀药性光明赋五经虚泻五经火眼目虚实冷热论点药药性炮炼法男女禁忌看眼法演药法点药法制药法煎膏法研药法合药法用药法服药法禁忌主药方辅药方加减方按五轮治疗捷法四季加减煎药