《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附
自序凡例卷上寒总论肾虚人易犯伤寒论不服药为中医论两感论时行疫症伤寒十六症类伤寒六症内伤外感辨治伤寒宜早视伤寒宜详辨成氏再传之讹六经七日病愈论仲景三百九十七法一百一十三方论陶氏辨差认十六条察色法察目法察
鍼灸甲乙经
幼科折衷秘传真本
凡例上卷小儿初受气论受胎论小儿形证歌颅囟要略择乳母论慎护论护持歌调理五法长寿无病歌寿夭歌杂病证候歌一见生死歌恶症十五候通真子诊脉歌诊脉歌诊脉快捷方式歌五经统论变蒸赋变蒸日例看三关证经诀入门辩症歌相手指
叙正文跋
引凡例卷一上五脏六腑仰人尺寸（图缺）伏人尺寸（图缺）手足阴阳流注中指同身寸法手太阴肺经手阳明大肠经足阳明胃经足太阴脾经手少阴心经手太阳小肠经足太阳膀胱经卷一下足少阴肾经手厥阴心包络经手少阳三焦经足少阳
卷一明目赋（一）眼科论孙真人谕眼论阴阳相应辨论上古天真论眼科通明论轩辕黄帝说眼病目科四季五行发挥妙诀明目赋（二）太玄真人论眼病五轮所属太玄真人问眼病因论八廓所属八卦也论五轮受病之因论八廓受实热病之因论
金匮玉函要略方论序金匮要略序（出赵本．）金匮玉函要略综概卷一脏腑经络先后病脉证第一（论十三首、脉证三条）湿病脉证第二（论一首、脉证十二条、方十一首）百合狐惑阴阳毒病证治第三（论一首、证三条、方十二首）
自叙阳湖张琦序丹徒赵克宣序丹徒赵克宜序长沙徐树铭序湘潭欧阳兆熊序长沙黄济序完颜崇实序吴郡顾复初序江夏彭崧毓序吴县曹元恒序卷一·天人解阴阳变化五行生克脏腑生成气血原本精神化生形体结聚五官开窍五气分主五味