序序凡例卷一述原引种预防禁忌辨证卷二论治（上）卷三论治（下）卷四运气选案
外科发挥
素问上古天真论篇第一四气调神大论篇第二生气通天论篇第三金匮真言论篇第四阴阳应象大论篇第五阴阳离合论篇第六阴阳别论篇第七灵兰秘典论篇第八六节藏象论篇第九五藏生成篇第十五藏别论篇第十一异法方宜论篇第十二移
验方徐果亭先生试验神方送蛋药酒方（男人服）种子红药连城丸老奴丸（一名苍龙丸）又种子奇方种子金丸种子金丸如意线方长龟方（一）秘传壮阳固精酒奇妙方涤痿兴阳汤安息香闻香起马方治腰痛神方补腰益肾壮元阳补血气圣
龙木集序卷之一龙木总论一 审的歌发挥二 眼叙论三 三因证治四 五轮歌五 内障眼法根源歌六 针内障眼法歌七 针内障眼叙法歌八 小儿歌九 合药矜式十 煎药诀十一 服药须知十二 点眼药诀卷之一七十二证方论一
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分第6部分第7部分
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
正文补编·卷上论温热病舌黄舌绛烟煤舌舌黑舌淡红无色舌白如粉验齿温热论补编·卷下崩漏标本证治崩漏虚实证治论妇女湿温病韩善征辟产后忌寒凉宜温热及大补气血论
序卷上本经上品人参甘草黄白术苍术（附）薯蓣石斛酸枣仁大枣芡实莲实莲花（附）莲蕊须（附）莲房（附）莲薏（附）荷叶（附）荷鼻（附）薏苡仁大麻仁巨胜子赤箭干地黄麦门冬天门冬葳蕤牛膝杜仲枸杞枸杞苗（附）地骨皮
自序经脉肺手太阴之脉手太阴肺经图肺经诸穴歌又分寸歌大肠手阳明之脉手阳明大肠经图大肠经诸穴歌又分寸歌胃足阳明之脉足阳明胃经图胃经诸穴歌又分寸歌脾足太阴之脉足太阴脾经图脾经诸穴歌又分寸歌心手少阴之脉手少阴