神农尝百草论亢则害承乃制论四气所伤论张仲景伤寒立法考伤寒温病热病说伤寒三阴病或寒或热辨阳虚阴盛阳盛阴虚论伤寒三百九十七法辨伤寒四逆厥辨呕吐干呕哕咳逆辨中风辨中暑中热辨积热沉寒论泻南方补北方论五郁论二阳
叙自叙凡例医学集成卷一阴阳诸论天地阴阳人身阴阳病有阴阳药有阴阳阴虚证论阳虚证论先天解说后天解说丹田解说五行生克五脏六腑脏腑表里脏腑所属足六经辨手六经辨十二经络寸关尺解六部脉解脉定至数脉定权衡浮沉统属（
兰室秘藏
析骨分经
医话
序卷上一、道生二、阴阳六十四卦、方圆二图三、色诊四、脉诊五、藏象卷下一、经络二、治则三、病能
序先议病后用药极闸人定议病式论金道宾真阳上脱之症金道宾后案辨袁仲卿小男死证再生奇验并详诲门人辨黄长人伤寒疑难危证治验并详诲门人治金鉴伤寒死证奇验辨徐国祯伤寒疑难急证治验治钱仲昭伤寒发危证奇验治伤寒坏证
序一序二凡例卷之一伤寒伤寒论两感论附：嗣真少阴症似太阳太阳脉似少阴不同论太阳论阳明少阳论三阴论三焦论阴证论阴虚论内伤论表症论里症论热症论舌论附金镜录辨舌黑治法结胸论发狂谵语蓄血发发疹（附）发黄吐蛔厥症
第1部分第2部分第3部分
序卷之一温邪门暑邪门伏暑门疟疾门痢疾门黄胆门卷之二中风门肝风痰火门虚劳门吐血门臌胀水肿门卷之三积聚门（附虫积）脘腹痛门噎膈反胃门三消门痰饮门痰喘门卷之四咳嗽门疝气门遗精淋浊门痉厥门杂病门妇人门产后门幼